水生態(tài)修復(fù)的重要任務(wù)之一是恢復(fù)水生態(tài)系統(tǒng)的完整性。這就意味著水生態(tài)修復(fù)應(yīng)該是河湖生態(tài)系統(tǒng)的整體修復(fù)，修復(fù)任務(wù)應(yīng)該是包括水文、水質(zhì)、地貌和生物在內(nèi)的全面改善。恢復(fù)水生態(tài)系統(tǒng)的完整性，其核心是恢復(fù)五大水生態(tài)要素的自然特征，即水文情勢時空變異性，河湖地貌形態(tài)空間異質(zhì)性，河湖水系三維連通性，適宜生物生存的水體物理化學(xué)特性范圍，及食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)和生物多樣性。
01改善河流水文情勢
在改善河流水文情勢方面，不僅需要恢復(fù)水量，也需要恢復(fù)自然水文過程。由于人類社會對于水資源的開發(fā)利用，試圖恢復(fù)到大規(guī)模開發(fā)以前的水文情勢是不現(xiàn)實的，只能實現(xiàn)部分恢復(fù)。通過制定環(huán)境水流標(biāo)準(zhǔn)，優(yōu)化配置水資源，合理安排生產(chǎn)、生活和生態(tài)用水，以滿足生態(tài)用水需求。另外，通過模擬自然水文過程，改善大壩電站的調(diào)度方式，以適應(yīng)魚類和其它水生生物的繁殖生長需求。
02修復(fù)河湖地貌形態(tài)空間異質(zhì)性
在修復(fù)河湖地貌形態(tài)空間異質(zhì)性方面，恢復(fù)河流蜿蜒性，重建深潭-淺灘序列;恢復(fù)河流橫斷面的地貌單元多樣性，包括恢復(fù)河槽斷面幾何非對稱形狀，河濱帶和河漫灘的植被恢復(fù)和重建;行洪通道的清理及河漫灘各類地貌單元包括洼地、沼澤、濕地、故道和牛軛湖的恢復(fù)。
03修復(fù)河湖水系三維連通性
在修復(fù)河湖水系三維連通性方面，通過工程措施和調(diào)度措施，促進(jìn)上下游連續(xù)性;地表水與地下水連通性;河道與河漫灘連通性;河湖連通性和水網(wǎng)連通性;增加水體動力性。
04控制水體物理化學(xué)特性范圍
在適宜生物生存的水體物理化學(xué)特性范圍方面，重點是通過源頭治理、污染控制、水庫調(diào)度、曝氣、河岸遮陰等措施，使水溫、溶解氧、營養(yǎng)物和其他水質(zhì)指標(biāo)滿足本土種生物需求。
05生物群落多樣性恢復(fù)
恢復(fù)生物群落多樣性和物種多樣性，重點是恢復(fù)瀕危、珍稀和特有生物物種以及保護(hù)和恢復(fù)重要生物資源。此外，還應(yīng)加強(qiáng)土著物種的保護(hù)，防止生物入侵。同時，還應(yīng)創(chuàng)造條件，完善“二鏈并一網(wǎng)”的河湖食物網(wǎng)結(jié)構(gòu)。
如果忽視生態(tài)完整性修復(fù)，僅修復(fù)單一的生態(tài)要素(如保證生態(tài)基流)，往往難以達(dá)到修復(fù)目標(biāo)。但另一方面，對于一個具體項目，河湖生態(tài)系統(tǒng)的整體修復(fù)不等于面面俱到地修復(fù)全部生態(tài)要素，而應(yīng)通過對水生態(tài)系統(tǒng)的全面評估和健康診斷，識別生態(tài)系統(tǒng)的主要問題，在重點生態(tài)要素上采取修復(fù)措施。
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