進行生態(tài)修復工程規(guī)劃設計，首先要明確規(guī)劃地域范圍，即在不同的規(guī)劃設計階段采用的空間尺度。在時間尺度方面，要充分考慮生態(tài)系統(tǒng)演進的長期性。在空間尺度方面，應充分考慮自然地帶與流域特點，在生態(tài)分區(qū)的基礎上，劃分規(guī)劃單元，提出適合于不同生態(tài)分區(qū)特點的河流修復目標、原則和重點，因地制宜地制訂規(guī)劃。
5.1.1 時間尺度
規(guī)劃現(xiàn)狀基準年，是指編制規(guī)劃時所選用的社會經(jīng)濟發(fā)展、自然狀況以及技術指標等現(xiàn)狀基礎數(shù)據(jù)的年份，其目的是保持現(xiàn)狀基礎數(shù)據(jù)的一致性。一般把具備較為完整的基礎數(shù)據(jù)的年份確定為規(guī)劃現(xiàn)狀基準年。水生態(tài)修復規(guī)劃應盡量保持與相關規(guī)劃諸如流域綜合規(guī)劃、水資源保護規(guī)劃等規(guī)劃的協(xié)調(diào)銜接，與相關規(guī)劃選取相同的現(xiàn)狀基準年。規(guī)劃水平年是指實現(xiàn)規(guī)劃目標的年份。根據(jù)生態(tài)修復工程的項目規(guī)模和資金注入條件確定規(guī)劃水平年。按照實際需要，可以分別確定近期目標和遠期目標，劃分為近期水平年和遠期水平年。
確定生態(tài)修復規(guī)劃的時間尺度，需要充分考慮水生態(tài)系統(tǒng)的演進過程。水生態(tài)修復是一個在人工適度干預下，生態(tài)系統(tǒng)自組織、自修復的過程。大量監(jiān)測資料表明，形成一個新的、較為完善的生態(tài)系統(tǒng)需要有足夠的時間。且不談大江大河生態(tài)系統(tǒng)修復問題，即便一塊人工濕地項目，如果形成一個完善的濕地生態(tài)系統(tǒng)，尚需要10～15年的時間。所以，確定河流生態(tài)系統(tǒng)的水平年，要充分考慮生態(tài)系統(tǒng)演進的長期性。急功近利的短期規(guī)劃，勢必導致工程項目的失敗。
水生態(tài)修復工程在建設期結束后，還需要安排一個管理期，在此期間，實施生態(tài)管理，包括保育、養(yǎng)護、環(huán)保執(zhí)法、監(jiān)測和評估等。
5.1.2 空間尺度
1.流域
所謂流域，在水文學中定義為地面分水線包圍的匯集降落在其中的雨水流至出口的區(qū)域。在流域內(nèi)進行著水文循環(huán)的完整動態(tài)過程。流域也是生態(tài)學最重要的空間單元之一，不少水生生物物種、種群常以流域或子流域分類劃分。流域也是野生動物保護的重要空間單元，一些大型哺乳動物在流域內(nèi)遷徙。一般來說，在規(guī)劃階段，水生態(tài)修復工程的規(guī)劃范圍應為流域或子流域，即在流域或子流域范圍內(nèi)，根據(jù)修復目標，統(tǒng)籌兼顧，通盤考慮，合理布置水生態(tài)修復工程項目，包括水土保持項目，清潔小流域項目，重點修復河段、湖泊和濕地;河湖水系連通項目;瀕危、珍稀洄游魚類恢復項目等。
2.河流廊道
一般來說，在技術設計階段，水生態(tài)修復工程的技術設計應在河流廊道范圍內(nèi)進行。河流廊道由三部分組成：河道、河漫灘和高地邊緣過渡帶(見1.1.1節(jié))。河流廊道范圍的劃分，較為實用的方法是按照一定頻率的洪水，用數(shù)字高程模型DEM繪出淹沒范圍，即可劃分出河流廊道的側(cè)向范圍。一般可采用平灘流量作為計算洪水(見4.1.4節(jié))。
河流廊道是流域內(nèi)各綴塊間的生態(tài)紐帶，又是陸生與水生生物間的過渡帶。河流廊道的基本生態(tài)功能，一是水生和部分陸生生物的基本棲息地;二是魚類和其它生物及其種子的運動和傳輸通道;三是起過濾和阻隔作用;四是物質(zhì)與能量的源與匯。河流廊道生態(tài)修復的目標，就是恢復這些基本生態(tài)功能。
3.河段
在河流廊道中選擇重點河段作為河流生態(tài)修復工程的建設區(qū)，即在河段范圍內(nèi)進行生態(tài)修復技術細部設計。
生物棲息地的加強與改善，是河段生態(tài)修復技術設計的主要內(nèi)容。在河段范圍內(nèi)，通過棲息地適宜性分析，改善水力學條件，提高棲息地質(zhì)量(見4.3.3節(jié))。因此，在河段尺度上布置的生態(tài)修復工程項目，包括河道內(nèi)棲息地恢復和加強項目;魚類適宜產(chǎn)卵場、索餌場和越冬場的改善與加強項目;河濱帶植被恢復或重建項目;河漫灘及濕地生態(tài)修復項目等。
5.1.3 生態(tài)分區(qū)與規(guī)劃單元
我國疆域遼闊，自然地理條件變化十分明顯。我國地貌總輪廓具有“三級階梯”的顯著特征，平均海拔分別在4000m以上、1000～2000m、500m以下。降水量從東南沿海向西北內(nèi)陸遞減，各地區(qū)差別很大。這種地貌、氣候特點對河流的影響非常顯著。不同河流因地理位置、氣候狀況等自然條件不同，其水文、地貌、生物系統(tǒng)、主導生態(tài)功能等都存在著很大差別。不同的自然地帶之間和流域之間，社會經(jīng)濟發(fā)展差異較大，水資源利用和水能開發(fā)程度參差不齊。河流生態(tài)修復規(guī)劃應該充分考慮到這些自然地帶與流域特點，在生態(tài)分區(qū)的基礎上，劃分規(guī)劃單元，提出適合于不同生態(tài)分區(qū)特點的河流修復目標、原則和重點，因地制宜地制訂規(guī)劃。
1.生態(tài)分區(qū)
生態(tài)功能區(qū)劃是依據(jù)生態(tài)系統(tǒng)特征、受脅迫過程與效應、生態(tài)服務功能重要性及生態(tài)環(huán)境敏感性等分異規(guī)律而進行的地理空間分區(qū)。我國目前與水生態(tài)分區(qū)有關的文件有：
a《全國水資源分區(qū)》
我國各地自然地理、水資源賦存及生態(tài)環(huán)境狀況差異顯著，為便于水資源的科學調(diào)配與管理，制定了全國水資源分區(qū)。全國水資源分區(qū)有機結合了流域分區(qū)與行政分區(qū)，保持了流域分區(qū)與行政分區(qū)的組合性與完整性。全國按流域水系劃分為10個水資源一級區(qū);在一級區(qū)劃分的基礎上，按基本保持河流完整性的原則，劃分為80個二級區(qū);結合流域分區(qū)與行政區(qū)域，進一步劃分為214個三級區(qū)。
b《全國重要江河湖泊水功能區(qū)劃(2011-2030年)》
依據(jù)《中華人民共和國水法》第三十二條規(guī)定，從 1999 年開始，水利部組織各流域管理機構和全國各省區(qū)開展水功能區(qū)劃工作，至 2008 年全國 31 個省(市、自治區(qū))人民政府先后批復并實施了本轄區(qū)的水功能區(qū)劃。2012年，國務院批復了《全國重要江河湖泊水功能區(qū)劃(2011-2030年)》。
水功能區(qū)是指為滿足水資源合理開發(fā)、利用、節(jié)約和保護的需求，根據(jù)水資源的自然條件和開發(fā)利用現(xiàn)狀，按照水資源與水生態(tài)系統(tǒng)保護和經(jīng)濟社會發(fā)展要求，依其主導功能劃定范圍并執(zhí)行相應水環(huán)境質(zhì)量標準的水域。水功能區(qū)劃是水資源開發(fā)利用與保護、水環(huán)境綜合治理和水污染防治等工作的重要基礎。水功能區(qū)劃分采用兩級體系。一級區(qū)劃是宏觀上解決水資源開發(fā)利用與保護的問題,主要協(xié)調(diào)地區(qū)間用水關系，長遠考慮可持續(xù)發(fā)展的需求。二級區(qū)劃主要確定水域功能類型及功能排序，協(xié)調(diào)不同用水行業(yè)間的關系。一級水功能區(qū)分四類，即保護區(qū)、保留區(qū)、開發(fā)利用區(qū)、緩沖區(qū)。二級水功能區(qū)將一級水功能區(qū)中的開發(fā)利用區(qū)具體劃分為飲用水源區(qū)、工業(yè)用水區(qū)、農(nóng)業(yè)用水區(qū)、漁業(yè)用水區(qū)、景觀娛樂用水區(qū)、過渡區(qū)、排污控制區(qū)七類。
c《全國生態(tài)功能區(qū)劃》
2008年環(huán)境保護部發(fā)布了《全國生態(tài)功能區(qū)劃》，根據(jù)生態(tài)系統(tǒng)的自然屬性和所具有的主導服務功能類型，將全國劃分為生態(tài)調(diào)節(jié)、產(chǎn)品提供與人居保障3 類生態(tài)功能一級區(qū)，依據(jù)生態(tài)功能重要性劃分為水源涵養(yǎng)、土壤保持、防風固沙、生物多樣性保護、洪水調(diào)蓄、農(nóng)產(chǎn)品提供、林產(chǎn)品提供、大都市群和重點城鎮(zhèn)群等生態(tài)功能二級區(qū)。總結必須有情況的概述和敘述，有的比較簡單，有的比較詳細。
2.河流修復規(guī)劃單元
河流生態(tài)修復規(guī)劃分為流域、河流廊道和河段三個層次。在制定生態(tài)修復規(guī)劃時，還應在每個層次進一步劃分若干規(guī)劃單元。在同一規(guī)劃單元內(nèi)制定一致的河流修復目標、原則和重點。
在流域尺度上，編制黃河、長江、珠江等大江大河的流域生態(tài)修復規(guī)劃，宜按照上、中、下游作為規(guī)劃單元，其他河流可按流域整體進行規(guī)劃。
河流廊道生態(tài)修復規(guī)劃單元的劃分，首先應參照全國水資源分區(qū)方法，采用水資源二級分區(qū)，即按照80個區(qū)劃確定規(guī)劃單元。舉例來說，一條河流跨越兩個水資源二級區(qū)，那么這條河流就劃分為兩個規(guī)劃單元。除了水資源分區(qū)原則以外，還應參考《全國生態(tài)功能區(qū)劃》的生態(tài)功能二級區(qū)的劃分進行必要的調(diào)整。
在河段層次上，可根據(jù)生態(tài)服務功能進一步劃分若干規(guī)劃單元。如水土保持、生物多樣性保護、洪水調(diào)蓄、農(nóng)林牧漁業(yè)、城市休閑娛樂和宜居環(huán)境建設等功能?！端δ軈^(qū)管理辦法》中的河湖單元劃分和功能定位，對制定河段的生態(tài)修復目標具有指導作用。
無論是河流廊道還是河段，涉及到的國家自然保護區(qū)和重要濕地，應在規(guī)劃單元中保持其完整性。
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